Kkościół ceglany z XIII wieku, prawdopodobnie został zbudowany razem z budynkami klasztornymi w 1236 roku. Jest to jeden najstarszych kościołów w całości wzniesionych z cegły na terenie Polski (a nawet Europy) ma status zabytku zerowej klasy. Jest przykładem połączenia sztuki romańskiej i gotyckiej, stanowi unikatową formą przejściową pomiędzy tymi dwiema epokami, stąd znacznie bardziej poprawne jest określenie kościoła św. Jakuba w Sandomierzu jako przykład sztuki romańsko-gotyckiej. Kościół jest orientowany, zbudowany jest na planie trójnawowej bazyliki, bez transeptu, z wydłużonym prezbiterium. Dwudzielny portal i okna są zakończone półkoliście, okna są stosunkowo wąskie, co stanowi o jego romańskim charakterze. Gotyckie elementy to sklepienia krzyżowo-żebrowe i wydłużone okna. Kościół kryty jest stropem drewnianym. Kościół i klasztor mają charakter budowli obronnej. Na przedłużeniu nawy północnej, w jej zachodnim końcu, znajduje się dzwonnica. Została zbudowana w III ćwierci XIII wieku, z cegły.