Kościół został wzniesiony przy klasztorze franciszkanów, którzy zostali sprowadzeni do Barczewa w 1364 roku przez biskupa Jana Stryprocka. Jeszcze przed końcem XIV wieku zaczęli oni wznosić czworoboczne założenie klasztorne z wirydarzem. W latach 1380-1390 wybudowano nawę kościoła, który stanowił południowe skrzydło zespołu, a po 1414 roku prezbiterium. W okresie nasilonych wpływów reformacji, w połowie XVI wieku, franciszkanie opuścili klasztor. Świątynia uległa wówczas dewastacji. Dopiero w roku 1594 kardynał Andrzej Batory osadził w nim bernardynów. Z jego inicjatywy budowla została wyremontowana (1589-1596), a do jej południowej ściany dobudowano kaplicę św. Antoniego (1594 rok). Na przełomie XVI i XVII wieku bernardyni odrestaurowali świątynię i rozbudowali klasztor. Miejsce to było w ich posiadaniu do 1810 roku, kiedy to władze pruskie dokonały kasaty zakonu. W 1834 roku budynki klasztorne zaadaptowano na więzienie, a po pożarze z 1846 zostały rozebrane. W 1982 roku, po 172 latach nieobecności, bernardyni powrócili do Barczewa. W 1987 roku wzniesiono dla nich dom klasztorny, a od lipca 1989 roku dawny kościół poklasztorny franciszkanów stał się kościołem parafialnym.
Źródło : Leksykon kultury Warmii i Mazur